上清镇地势由东南向西北倾斜，东面多山，西北为丘陵谷地，集镇中部地势较为平坦，东南边境的天台山最高，海拔1124.8米；西部边境的应家最低，海拔100米。镇内泸溪河自镇东面向西北流过整个镇区，在历史上曾是福建商贾重要的水路，由于河床变浅已失去了往日的功用，却成为当地旅游的一个亮点。

上清镇位于赣东北，气候属中亚热带季风湿润区，年平均气温17.9℃，一月平均气温5.2℃，七月平均气温29.7℃，年平均降雨量1874毫米，年平均无霜期258天，常年主导风向东偏北风。具有四季分明，气候宜人，雨量充沛，光照充足，无霜期长等特点。适宜野生动植物生长，适宜发展旅游业。